Avec un nom successivement orthographié Perinhac (1389), Peyrignac(1450), Perinhat et enfin Pérignat-lès-Sarliève(1789), le village était encore appelé il y a peu de temps Pérignat-Petit ou le Petit Pérignat pour le distinguer d'un autre Pérignat, situé sur la rive opposée de l'Allier.
Bâti à 380 mètres d'altitude au bas du flanc Est du plateau de Gergovie, qu'il sépare de la plaine de Sarliève, le vieux village a sans doute des origines fort anciennes.
De nombreuses fouilles archéologiques attestent d’un peuplement remontant au néolithique. En effet, le site, abrité des vents froids du nord est situé sur les rives de l’ancien lac de Sarliève, asseché en 1629. (L’assèchement se fit par le creusement d’un grand canal central « la grande rase », toujours visible de nos jours.)
Les bords du lac étaient habités au moins depuis la seconde moitié du V e siècle av. J. -C. jusqu'à la conquête romaine comme le montre la nécropole gauloise découverte à moins de 3 km à vol d'oiseau.
Le plateau de Gergovie abritait une population nombreuse et une armée conséquente. C’est au printemps 52 avant J.C. que Jules César est défait par Vercingétorix, chef des Arvernes, sur les contreforts du plateau.
Par ailleurs, des sépultures ont été mises à jour dont les plus anciennes semblent dater du IVème siècle de notre ère. Le site était d'ailleurs un lieu de passage obligé, entre le plateau et le lac. Il fut emprunté dès le début par la grande route de Paris au Languedoc dont l'origine remonte pour le moins au haut Moyen-âge.
L'histoire de Pérignat est toutefois mieux connue depuis le XIIIème siècle. En 1240 ce fief appartenait à Robert, Dauphin d'Auvergne, qui en rendit alors foi-hommage à l'évêque de Clermont.
A titre anecdotique, au XIVéme siècle, une femme, Alix de le Roche- Donezat, veuve de Guillaume de Pérignat était le Seigneur des lieux. Par ailleurs, le 20 mai 1378, au cours de la guerre de cent ans, les Anglais, poussèrent jusqu'à Pérignat, alors qu’habituellement leurs incursions s’arrêtaient aux montagnes d’Auvergne
Du XV éme siècle au XVII ème siècle, diverses familles possédèrent successivement la seigneurie. On trouve ainsi, au XVème siècle, les de Bosredont, avec notamment Louis, écuyer et favori de la reine Isabeau de Bavière, assassiné par ordre du roi Charles VI qui fit ensuite jeter son corps dans la Seine, enfermé dans un sac sur lequel on lisait "laissez passer la justice du Roi".
Vers la fin du XVIème siècle une autre lignée de vieille noblesse, celle des marquis de Langeac possède la seigneurie.
Au début du XVII éme siècle, Guy Durant, receveur général du taillon à Clermont acquiert la « terre de Pérignat » dont il fut seigneur dès 1617. La famille Durant reste présente dans les lieux pendant 180 ans, jusqu’au décès de Gabriel Hyppolite Durant de Juvisy, dernier seigneur de Pérignat . Les descendants de la famille Durant restent propriétaires du château jusqu’en 1940.
Ses armes, "d'azur du cœur d'argent traversé d'une flèche de même et accompagné de trois roses aussi d'argent" sont toujours visibles sur la porte du château, aujourd'hui mairie, et sur le porche d'entrée de la cour qui précède.
La paroisse devint commune en 1789 mais fut après rattachée à Aubière dont elle se sépare à nouveau en 1873.
Pendant la Révolution, une garde nationale fut constituée à Pérignat, sur le modèle de celle de Paris et le village était représenté par le commandant de ladite garde, lors de la fête de la Fédération à Paris en 1790 !
La vie de la commune fut particulièrement mouvementée à cette époque, mais son existence fut éphémère puisqu’en mai 1793, elle devient une simple section rattachée à la commue d’Aubiére. Les habitants n’acceptent pas ce regroupement et n’auront de cesse de redevenir autonomes. Il faudra toutefois attendre 1872, après des émeutes locales pour que la scission soit actée et que Pérignat redevienne Pérignat lés Sarliéve.